為病毒組學和病毒生態學研究提供了重要工具
【記者李清華外電報導】11日中國海洋大學稱，該校海洋生命學院汪岷教授團隊基於序列比對和圖論方法，開發了病毒分類新工具Viral Taxonomic Assignment Pipeline(VITAP)，該成果近日在國際知名期刊《自然-通訊》上發表，為病毒組學和病毒生態學研究提供了重要工具。
目前大多數病毒分類方法主要依賴於接近完整的病毒基因組數據，對片段化和不完整的病毒序列分類效果較差；此外，目前的技術手段大多對雙鏈DNA病毒的分類效果較好，而對RNA病毒和單鏈DNA病毒的高通量準確分類仍存在困難，特別是對於高度不完整的病毒片段，如何將其準確地進行分類仍然是一個極須解決的問題。
該研究團隊開發的VITAP通過結合序列比對與圖論算法，不僅能對DNA及RNA病毒進行精準分類，還為每個分類單元提供了置信度評估，可對長度短至1000個堿基對的病毒基因組序列進行從門到屬水平的高效分類，並大幅提升了病毒注釋率。
此外，VITAP能夠基於國際病毒分類委員會(ICTV)制定的最新分類數據庫進行自動更新，並支持用戶自定義分類數據庫。
在後續的分析測試中，該研究團隊將VITAP方法成功應用於宏病毒組和病毒基因組的注釋，結果顯示VITAP在科級和屬級的分類分析中不僅能保持超過90%的准確率、精度和召回率，還顯示出了優於其他方法的注釋率。
整體而言，VITAP在保證高準確率的前提下，實現了更全面、穩定的病毒分類，並為病毒基因組學、分類學和生態學研究提供了一個高效的自動化新工具。
↑圖說：中國科研人員病毒研究（資料圖）